Zo rond het jaar 180 was de glorietijd van Germania Inferior duidelijk voorbij aan het gaan. Ondanks haar stadsrechten was Noviomagus economisch niet erg interessant meer, terwijl het ook duidelijk was dat de Rijngrens toch niet zo veilig was als men had gehoopt. Commodus, die in dit jaar keizer werd, liet het regeren vooral over aan enkele dienaren, die soms meer met hun eigen belangen dan met die van het rijk bezig waren. Zijn dood, op oudjaar 192, liet net als bij Nero een rijk zonder opvolger achter. Toen stadsprefect Pertinax, die rond het jaar 160 commandant van de Rijnvloot was geweest, keizer werd gemaakt om al snel door de Praetorianen vermoord te worden, was duidelijk dat er opnieuw een bestuurlijke chaos aan het uitbreken was. Didius Julianus, die zich in 172 verdienstelijk had gemaakt met het bestrijden van de Chauken en van 181 tot 183 gouverneur van Germania Inferior was geweest, kocht de loyaliteit van de garde en daarmee ook de troon. Het resultaat was een nieuwe burgeroorlog, zodat er een Vijfkeizerjaar uitbrak.
De winnaar van de strijd om de macht was Septimius Severus. Hoewel hij nog hetzelfde jaar Didius Julianus klein kreeg, kostte het hem nog ongeveer vijf jaar om twee andere tegenkeizers uit te schakelen, wat grote verwoestingen in Gallië tot gevolg had. Onder Severus werd de toon van het keizerschap veel militaristischer: de keizers hielden zich nu meer dan ooit zelf met de oorlogen bezig, terwijl Severus zijn zoons op zijn sterfbed adviseerde om zich alleen om het leger te bekommeren. Wat niet wilde zeggen dat Severus een onbekwaam keizer was. Net als Hadrianus hield hij inspectiereizen, waarbij hij ook Germania Inferior aandeed en het proces van de “verstening” van de castella voortzette en voltooide. Geen overbodige luxe, want de invallen van de Chauken, enkele decennia eerder, hadden enorme gevolgen gehad. In het meer zuidelijke Gallia Belgica waren tot dan nauwelijks troepen gelegerd, zodat dit gebied praktisch open lag voor de plunderaars. Meerdere steden waren verwoest of verlaten door hun vluchtende bevolking. Ook had men daarvoor al grote stadswijken moeten platbranden vanwege de Antonijnse Pest.
Didius Julianus was als gouverneur in elk geval verstandig genoeg geweest om te snappen dat er iets had moeten veranderen. Hij had meer forten langs de westkust laten bouwen. Meerdere hiervan waren tot in de 17e eeuw waarschijnlijk nog te zien op Walcheren, Goeree en Voorne. Bij Aardenburg, in Zeeuws-Vlaanderen, moet het zuidelijkste kustfort van Nederland hebben gestaan. Septimius Severus voltooide op zijn beurt de vernieuwing van de defensie dus. Ook hervormde hij de organisatie van de hulptroepen, die werden opgedeeld in numeri (infanterie) en cunei (cavalerie). In ons land werd zo bijvoorbeeld een Cuneus Frisiorum opgericht, waarin Frisii en Tubanten dienst deden. Deze werd gelegerd in Brittannia. In Matilo (Leiden) zat de Numerus exploratorum Batavorum. Verder aarzelde Severus niet om met preventieve aanvallen de volkeren aan de grens af te schrikken.
Ondanks alle maatregelen kostte het veel moeite om de controle te herstellen. Er was definitief iets veranderd na de Antonijnse Pest en de daaropvolgende invallen. Vijandige invallen zouden hierna steeds frequenter worden. Ook Severus’ zoon Caracalla kreeg te maken met Germaanse invallen. Waarschijnlijk was dat de reden dat hij in 212 middels de constitutio Antoniniana invoerde, de wet die bepaalde dat alle vrije mannen in het rijk (dus geen slaven, halfvrijen, buitenlandse bondgenoten, lijfeigenen of vrouwen) tot staatsburger gemaakt werden. Staatsburgers betaalden vijf procent inkomstenbelasting, dus deze nieuwe wet bracht meer geld voor het dure leger in het laatje, terwijl hij ook de loyaliteit van de mensen aan de staat zou kunnen vergroten. Op lange termijn was de wet echter een misrekening: legionairs verdienden meer dan hulptroepen en alleen staatsburgers konden legionair worden. Wie staatsburger was moest dus wel gek zijn om bij de hulptroepen in plaats van de legioenen te gaan. Kans op staatsburgerschap was voor de vrije mannen in het rijk geen motivatie meer om bij de hulptroepen te gaan.
Na Caracalla’s dood in 217 volgde weer een labiele periode en een strijd om de macht, die gewonnen werd door de uiterst labiele Elagabalus, die het als keizer maar enkele jaren volhield. Zijn neef en opvolger, Severus Alexander, was stabieler en verstandiger, maar kreeg het opnieuw met invallers aan de stok. In 231 moet er een inval aan de Neder-Rijn hebben plaatsgevonden, die met moeite werd teruggeslagen door Legio I Minervia. In 235 reisde Alexander af naar Germania, maar werd hier door zijn ontevreden soldaten vermoord. Severus Alexander was niet populair geweest bij zijn soldaten, wat hem in deze militaristische tijden zuur opbrak. De legioenen in de regio schoven hun bevelhebber, Maximinus Thrax, naar voren als keizer: de eerste maal dat het keizerschap werd opgeëist door iemand van gewone komaf, een mogelijkheid geschapen door de wet van Caracalla, die meer staatsburger creëerde en het belang van een militaire carrière deed toenemen. Het resultaat was een halve eeuw aan politieke en militaire chaos: de soldaten schoven hun eigen keizers naar voren, maar aarzelden ook niet om hen uit ontevredenheid te vermoorden.
Tijdens deze Crisis van de Derde Eeuw ontbrak vrijwel elk centraal gezag in Germania Inferior. Invallen waren nauwelijks te stuiten en de economie stortte volledig in. De burgeroorlogen leidden namelijk tot een hoop verwoesting en een hogere belastingdruk. Bovendien hadden veel keizers al lange tijd de soldij betaalbaarder gemaakt door het gehalte van edelmetaal in de munten te verminderen, zodat het goedkoper werd om meer munten te slaan. Wanneer kooplui en bankiers dat doorkregen stegen de prijzen dus, zodat een carrière in het leger minder aantrekkelijk werd. Dus moest de soldij weer omhoog en dat kon alleen door het geld nog verder te devalueren. In de loop van de 3e eeuw steeg de graanprijs zelfs tot het honderdvoudige. Bijgevolg kwam de ruilhandel weer op terwijl oude munten opzij werden gezet of omgesmolten: geld gebruiken was voor de gewone man simpelweg niet meer rendabel!
Doordat de handel en geldeconomie instortten verloren de steden, die wat voedsel betreft niet zelfvoorzienend waren, sterk aan belang. Grote plattelandshoeves werden nu meer de economische centra van de streek. Versterkte hoeves, want van veiligheid was geen sprake meer in Germania Inferior. Niet alleen vanwege de invallen, want ook failliete boeren en andere lieden gingen in hun wanhoop op rooftocht. Ook ecologisch kampte men hier met ernstige problemen. De gemiddelde jaartemperatuur daalde rond deze tijd met een graad of 2, wat de opbrengst van de landbouw deed dalen (zodat de prijzen dus nog meer stegen). Door ongeremde cultivatie van veengrond in Zeeland en Noord-Nederland, was de grond hier letterlijk ingezakt, wat grote overstromingen tot gevolg had. Was Zeeland rond het begin van de Romeinse tijd nog vooral moerassige grond geweest, nu veranderde het langzaam maar zeker in een archipel van erg kleine eilanden (veel kleiner dan tegenwoordig). Veel gebouwen, ook de Nehalennia-tempel van Ganuenta (bij Colijnsplaat) werden weggespoeld. Ook de landbouwgrond van de Frisii begon steeds vaker door zoutwater overspoeld te raken. Dat kwam omdat de stroom tussen het Flevomeer en de Waddenzee verwijdde, wat resulteerde in een flinke vergroting van het meer. Op de bedorven landbouwgrond was niet meer te leven, zodat veel mensen wegtrokken.
Andere Germanen achter de Rijn verbonden zich in coalities, zodat zij minder onderling vochten en dus gevaarlijker werden voor de Romeinen. In 241 was er voor het eerst een aanval gekomen door een nieuwe coalitie van achter de Rijn: de Franken! Meerdere volkeren aan de IJssel en de Lahn vormden de basis van deze (overigens vrij losse) confederatie: de Saliërs, de Angrivariërs, de Chamaven, de Tubanten… Steeds meer stammen sloten zich aan. Ook oude vijanden van de Romeinen, zoals de Usipeten, de Tencteren en de Bructeren. De Chauken daarentegen gingen eind 3e eeuw mogelijk op in een ander stamverband, namelijk dat van de Saksen, die de rol van de Chauken als schrik van de Noordzee overnamen. Terwijl de Franken de Rijn regelmatig overstaken, zeker na bericht over leegstaande forten, teisterden de Saksen dus de Kanaalkusten. Keizer Gallienus was dan ook in 254 bij de Rijngrens geweest om oorlog tegen de Germanen te voeren. Om zijn macht te stabiliseren richtte hij een keurkorps op van enkele mobiele afdelingen, die hem overal zouden volgen en dus niet onder de invloed van een onbetrouwbare generaal zouden vallen.
Door manschappen weg te trekken voor burgeroorlogen hadden Gallienus en zijn voorgangers de grens flink verzwakt, dus nu was het maar goed dat hij een eigen leger meebracht. Meerdere keren gaf hij de Franken er behoorlijk van langs, hoewel ze ook telkens weer terugkwamen. Maar in 258 moest Gallienus zijn werkterrein noodgedwongen naar de Balkan verleggen om daar een tegenkeizer te verslaan, waarmee hij tal van soldaten met zich meenam. Om deze reden moet ook de zuidelijke helft van Nederland grotendeels ontvolkt zijn. Keizer Gallienus had rond die tijd de Limesforten leeg getrokken om deze soldaten in te zetten op de Balkan. Veel mensen trokken met hen mee omdat zij hun broodwinning of zelfs hun familie zagen vertrekken. Voor anderen was de veiligheid een goede reden om te gaan, want de Rijngrens was hiermee in de praktijk gewoon opgegeven. Wel erg belangrijk bleef de handelsweg tussen Colonia Agrippinensis (Keulen) en Gesoriacum (Boulogne-sur-Mer). De belangrijkste plaatsen op deze route in ons land waren Coriovallum (Heerlen) en Mosae Traiectum (Maastricht). De vestingen langs deze handelsweg zijn grotendeels in de 3e en 4e eeuw gebouwd. Ten noorden van de handelsweg was de Romeinse invloed echter veel minder merkbaar. Forum Hadriani en Noviomagus werden uiteindelijk ook verlaten.
Wel had Gallienus zijn minderjarige zoon Saloninus achtergelaten in Colonia Agrippinensis. De jonge onderkeizer viel onder toezicht van onder andere een generaal genaamd Marcus Cassianus Latinius Postumus. Postumus wist de Franken op de knie te krijgen, waarschijnlijk ter hoogte van het huidige Empel, waar een tempelcomplex stond voor de Bataafs-Romeinse meng-god Hercules Magusanus. Toen Saloninus echter de buit van de oorlog opeiste ontstond er onenigheid en belegerde Postumus de stad, die hij in 260 innam. Saloninus werd gedood en Postumus werd tot keizer uitgeroepen. Postumus, die ook van lage afkomst was en via een militaire carrière was opgeklommen, bleek nu een vrij bekwaam bestuurder te zijn. Hij heerste als keizer vooral over Gallië, waar hij zijn eigen regering en Senaat oprichtte zonder zich om de verdere verovering van het Romeinse rijk te bekommeren, wat de reden is dat zijn rijk vaak het Gallische Keizerrijk genoemd wordt, ondanks dat zijn rijk verder geen uitgesproken Gallisch karakter had. In elk geval sloten Brittannia en Hispania zich bij hem aan.
Postumus reorganiseerde de verdediging van de Rijngrens, waaraan hij bijna altijd verbleef. Uit Frankische krijgsgevangenen en huurlingen stelde hij nieuwe hulptroepen samen, die wisten hoe zij de Franken moesten bestrijden. Stadsmuren van de steden werden versterkt en er werden nu meer forten in het achterland aangelegd, zoals langs de Maas, zodat de bevolking een toevluchtsoord had in tijd van nood. De in het achterland aanwezige garnizoenen konden een eventuele aanval die door de grens heen wist te komen dan alsnog opvangen. Dit systeem van “verdediging in de diepte” was op dat moment wellicht de beste oplossing. Op lange termijn zou het minder succesvol worden, aangezien er na enkele decennia laksheid begon op te treden bij de troepen in de garnizoenssteden. Maar op dit moment was het een vakkundig uitgedacht systeem. Postumus was een sterk leider, die in tegenstelling tot Gallienus niet de grens onbewaakt achterliet om elders te gaan vechten, ofschoon Gallienus meerdere pogingen deed om deze separatist te verslaan. Ook een tegenkeizer in de vorm van ene Laelianus te Mogontiacum (Mainz) kreeg Postumus niet klein: het waren juist zijn eigen troepen die Postumus in 269 doodden nadat hij, toen Laelianus verslagen was, hen niet toestond om Mogontiacum te plunderen. Laelianus was zijn opstand echter wel begonnen nadat Postumus plotseling de muntwaarde opnieuw verlaagd had, voor de eerste keer in zijn regering.
De dood van Postumus maakte dat er geen sterke man meer was om zich op de Rijngrens te concentreren. Zijn opvolgers regeerden maar kort. De laatste van hen, Tetricus, werd in 273 verslagen door Aurelianus, die keizer was geworden na de dood van Gallienus en zijn opvolger Claudius Gothicus. Tetricus en Aurelianus kwamen daarna in het geheim overeen dat Tetricus zich vrijwillig zou overgeven. De verovering liet echter een aardig uitgedund leger achter, wat de defensie geen goed gedaan zal hebben. De Germanen roken hun kans opnieuw en vielen opnieuw de Rijnforten aan. Postumus’ garnizoenen in het achterland konden blijkbaar maar weinig uitrichten en de vijand drong diep tot in Gallië door, waarbij zelfs Parijs in vlammen opging. Ook Mosae Traiectum moest het ontgelden. Het castellum bij Aardenburg werd rond deze tijd waarschijnlijk voorgoed verlaten, net als het achterland van Colonia Agrippinensis. Aurelianus leek zich hier weinig om te bekommeren. Toen de boeren op de Gallische westkust zich echter verenigden ter verdediging van hun land, werd dit afgedaan als rebellie.
Keizer Probus, die vanaf 276 regeerde, deed iets beter zijn best om niet alleen in naam een hersteller te zijn. Hij versterkte de grenssteden en bouwde een nieuwe Rijnvloot op. Tussen de garnizoenssteden in bouwde hij nieuwe forten. Ook kreeg hij voor elkaar dat een aantal Germaanse koningen gijzelaars leverden en Rome als hun suzerein erkenden. Een deel van de Franken kreeg in 277 toestemming om aan de Neder-Rijn te komen wonen als foederati, semi-autonome bondgenoten binnen het rijk. De verdediging van de Neder-Rijn werd dan ook voorlopig aan hen overgelaten. Vanaf dat moment waren de Rijndelta en de Betuwe de primaire uitvalsbasis van de Franken, waar zij tot 286 dankbaar gebruik van maakten. Toen ene Proculus een gooi naar het keizerschap deed en de hulp van de Franken inriep, leverden zij de tegenkeizer nog wel uit aan Probus. Maar echt betrouwbare bondgenoten waren zij daarmee nog niet.
Hoe gewelddadig de overname van het rivierengebied door de Franken precies verlopen is, is niet bekend. Vaststaat dat ons land voor 277 erg dunbevolkt moet zijn geweest. Het is mogelijk dat achterblijvende Bataven en Cananefaten uiteindelijk zijn opgenomen in de Frankische coalitie, zoals ook met de Chamaven gebeurd lijkt te zijn: deze stam, die vermoedelijk in Twente en de Achterhoek woonde, werd bijvoorbeeld in 298 aangeduid als Frankisch. Het is echter ook mogelijk dat de resterende Bataven en Cananefaten zijn verdreven, tot slaaf gemaakt of gedood. Een exact bewijs voor één van deze theorieën is er niet, zodat het tot op de dag van vandaag een raadsel blijft. In elk geval zijn de Bataven waarschijnlijk niet de voornaamste voorouders van de moderne Nederlanders. De beperkte Romeinse macht ten noorden van de handelsroute Keulen-Boulogne heeft vermoedelijk een sterke invloed op moderne Belgische taalgrens: de grens tussen de Franse (Romaanse) taal en de Nederlandse (Germaanse) taal. Ten noorden van de handelsweg was de Romeinse macht weliswaar niet volledig verdwenen, maar wel sterk verzwakt. Het gebied tot aan de Rijn werd nog steeds opgeëist als deel van het rijk, maar was nu veel meer een soort periferie. Het wegennetwerk en de Romeinse staat waren hier nog amper van invloed en de loyaliteit aan Rome was grotendeels verdwenen. De eigen, lokale omgeving was nu veel belangrijker. Alleen de naam Batavia, zoals het rivierengebied nu vaak genoemd werd, herinnerde nog aan de hier ooit woonachtige Bataven. Het verlaten terpenland in het noorden stond bekend als Frisia. Het zou nog lang duren voor hier nieuwe bewoners neerstreken.
